Quyết toán TNDN năm 2025 đã nộp: kế toán rà lại mức thuế suất 15%, 17% theo luật mới và văn bản áp cho thủ tục điều chỉnh

Quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025 phải áp Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15: luật có hiệu lực từ 1/10/2025 nhưng áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025, nên cả năm 2025 tính theo luật mới — thuế suất 15% với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng, 17% với doanh nghiệp trên 3 tỷ đến 50 tỷ đồng, 20% với phần còn lại. Doanh nghiệp đã nộp quyết toán theo mức 20% cho cả năm trong khi đủ điều kiện mức thấp hơn nên rà lại ngay.

Điểm dễ rối nằm ở phần thủ tục: quyết toán năm 2025 của doanh nghiệp có năm tài chính theo năm dương lịch đã nộp trước hạn cuối tháng 3/2026, tức trước khi hệ văn bản quản lý thuế mới (Nghị định 252/2026/NĐ-CP, Thông tư 89/2026/TT-BTC) có hiệu lực từ 1/7/2026. Nếu bây giờ khai bổ sung, câu hỏi là thủ tục làm theo văn bản nào. Bài này tách hai lớp đó ra.

Hai lớp văn bản: lớp nội dung và lớp thủ tục

Mỗi lần quyết toán chạm tới hai loại văn bản khác nhau:

Nguyên tắc thường gặp là: nghĩa vụ thuế của kỳ nào tính theo quy định nội dung của kỳ đó, còn thủ tục làm ở thời điểm nào theo văn bản thủ tục của thời điểm đó, trừ khi điều khoản chuyển tiếp nói khác. Vì vậy phải đọc phần chuyển tiếp của Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC trước khi chọn mẫu tờ khai bổ sung.

Rà lại mức thuế suất đã áp: bốn câu hỏi

1. Tờ khai quyết toán 2025 đã áp mức nào? Mở tờ khai trên tài khoản thuế điện tử, không dựa vào trí nhớ.
2. Tổng doanh thu năm được xác định thế nào? Đọc lại quy định về tổng doanh thu làm căn cứ xác định mức 15%, 17% trong luật và văn bản hướng dẫn: gồm những khoản nào, lấy theo năm nào. Không tự suy ra từ dòng doanh thu trên báo cáo tài chính.
3. Có trường hợp loại trừ nào không? Một số doanh nghiệp có thể không thuộc diện áp mức ưu đãi theo quy mô — ví dụ doanh nghiệp là công ty con, công ty có quan hệ liên kết, tuỳ quy định chi tiết. Đọc văn bản hướng dẫn để xác nhận.
4. Có ưu đãi khác chồng lên không? Doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới có thể được miễn thuế 3 năm theo Nghị quyết 198/2025/QH15 — khi đó câu hỏi là thứ tự áp dụng và điều kiện.

Nếu trả lời xong mà thấy tờ khai đã áp đúng, chỉ cần ghi chú căn cứ vào hồ sơ. Nếu thấy sai, chuyển sang phần khai bổ sung.

Vì sao nhiều doanh nghiệp áp nhầm mức 20% cho năm 2025

• Luật có hiệu lực giữa năm. Ngày 1/10/2025 khiến nhiều người nghĩ luật mới chỉ áp từ quý 4 hoặc từ năm 2026. Thực tế luật áp dụng từ kỳ tính thuế 2025.
• Tạm nộp theo mức cũ. Ba quý đầu năm 2025 tạm nộp theo mức 20%, đến quyết toán vẫn giữ theo thói quen.
• Phần mềm chưa cập nhật tại thời điểm lập quyết toán, hoặc mẫu tờ khai không có chỗ chọn mức thuế suất mới một cách rõ ràng.
• Văn bản hướng dẫn ra sau nên kế toán chọn cách an toàn là giữ 20% rồi quên quay lại.

Áp mức cao hơn mức được hưởng không bị phạt, nhưng doanh nghiệp đã nộp thừa. Số nộp thừa có thể được bù trừ hoặc hoàn theo quy định — chỉ khi khai bổ sung đúng thủ tục.

Khai bổ sung sau 1/7/2026: làm theo văn bản nào

Khi cần điều chỉnh quyết toán 2025 vào thời điểm hiện nay (sau 1/7/2026):

1. Số liệu điều chỉnh tính theo Luật 67/2025/QH15 và văn bản hướng dẫn luật này — lớp nội dung không đổi vì thời điểm khai bổ sung.
2. Mẫu tờ khai bổ sung, trình tự, nơi nộp xác định theo văn bản quản lý thuế đang hiệu lực và điều khoản chuyển tiếp của nó. Nếu điều khoản chuyển tiếp cho phép dùng mẫu cũ trong một thời gian, ghi rõ căn cứ khi dùng.
3. Số thuế nộp thừa xử lý bù trừ hay hoàn theo quy định hiện hành về quản lý thuế.
4. Nếu điều chỉnh làm tăng số thuế (ví dụ phát hiện chi phí không được trừ), tiền chậm nộp tính theo ngày trên số thuế tăng thêm — mức 0,03%/ngày theo quy định lâu nay, kiểm tra mức hiện hành.

Không nên chờ cơ quan thuế kiểm tra mới điều chỉnh. Tự khai bổ sung trước khi có quyết định kiểm tra thường được xử lý nhẹ nhàng hơn nhiều so với bị phát hiện.

Ví dụ giả định: một công ty 2,6 tỷ đồng doanh thu

Giả sử một công ty dịch vụ có tổng doanh thu năm 2025 là 2,6 tỷ đồng, thu nhập tính thuế 400 triệu đồng, đã quyết toán theo mức 20% và nộp 80 triệu đồng. Sau khi rà lại, kế toán xác nhận công ty thuộc diện áp mức 15% và không có trường hợp loại trừ.

• Thuế đúng theo mức 15%: 60 triệu đồng.
• Số nộp thừa: 20 triệu đồng.
• Việc cần làm: khai bổ sung quyết toán 2025 theo thủ tục hiện hành; đề nghị bù trừ vào số phải nộp kỳ sau hoặc hoàn theo quy định.
• Hồ sơ nội bộ: ghi căn cứ xác định tổng doanh thu, lý do áp 15%, ngày khai bổ sung.

Nếu công ty đã tạm nộp các quý năm 2026 cũng theo mức 20% vì cùng một thói quen, rà luôn phần tạm nộp để không lặp lại sai lệch sang năm sau. Con số trong ví dụ là giả định để minh hoạ cách tính. Quyết định cuối cùng phụ thuộc cách xác định tổng doanh thu và các điều kiện theo văn bản hướng dẫn.

Năm tài chính không trùng năm dương lịch

Doanh nghiệp có năm tài chính khác năm dương lịch (ví dụ từ 1/4 đến 31/3) phải xác định “kỳ tính thuế 2025” của mình là kỳ nào, và luật mới áp từ kỳ nào. Hạn quyết toán cũng khác: ngày cuối cùng tháng thứ 3 sau khi kết thúc năm tài chính theo Luật Quản lý thuế. Với nhóm này:

• Đọc điều khoản thi hành của Luật 67/2025/QH15 và văn bản hướng dẫn về kỳ tính thuế áp dụng.
• Nếu kỳ quyết toán rơi vào sau 1/7/2026, thủ tục quyết toán lần đầu cũng đã theo văn bản quản lý thuế mới.
• Ghi rõ trong hồ sơ nội bộ cách xác định kỳ, vì đây là chỗ dễ bị hỏi lại.

Ghi hồ sơ nội bộ cho kỳ đầu áp luật mới

Kỳ 2025 là kỳ đầu tiên áp Luật 67/2025/QH15, nên cũng là kỳ mà sau này cơ quan thuế có thể xem lại kỹ nhất cách doanh nghiệp hiểu luật mới. Dù đã quyết toán đúng hay phải khai bổ sung, nên lưu một trang ghi chú gồm:

• Căn cứ xác định mức thuế suất: tổng doanh thu năm tính thế nào, gồm những khoản gì, lấy số từ sổ nào, đối chiếu với hoá đơn đầu ra ra sao.
• Văn bản đã dùng: luật, văn bản hướng dẫn luật tại thời điểm lập quyết toán; nếu văn bản hướng dẫn ra sau ngày lập quyết toán, ghi rõ.
• Các điểm còn phân vân lúc lập quyết toán và cách đã chọn, kèm lý do.
• Lần khai bổ sung (nếu có): ngày, lý do, văn bản thủ tục áp dụng, số thuế chênh lệch.

Trang ghi chú này còn giúp chính kế toán năm sau: khi lập quyết toán 2026, chỉ cần kiểm tra các điểm đã phân vân năm trước đã có hướng dẫn rõ hơn chưa, thay vì đọc lại luật từ đầu. Nếu người lập quyết toán 2025 đã nghỉ, trang này là thứ duy nhất giải thích được vì sao con số trên tờ khai là như vậy.

Tự kiểm tra ở đâu

1. Tài khoản thuế điện tử của doanh nghiệp: mở tờ khai quyết toán 2025 đã nộp, xem mức thuế suất, số tạm nộp, số phải nộp.
2. Cổng hoá đơn điện tử: tổng hợp hoá đơn đầu ra năm 2025 để đối chiếu tổng doanh thu làm căn cứ xác định mức thuế suất.
3. Trang tra cứu thông tin người nộp thuế: xác nhận ngày thành lập, thông tin đăng ký khi xét ưu đãi doanh nghiệp mới.
4. Cơ quan thuế quản lý: hỏi về thủ tục khai bổ sung và cách xử lý số nộp thừa trong giai đoạn chuyển tiếp.